كان اتحاد الكرة المصرى لكرة القدم قد أعلن فى وقت سابق عن تولى حسام البدرى القيادة الفنية للفراعنة خلفا للمدرب المقال المكسيكي خافيير أجيرى الذى تمت إقالته من تدريب المنتخب الوطني بعد الخروج على يد منتخب جنوب افريقيا فى بطولة كأس الأمم الإفريقية،والتى أقيمت فاعليتها على الأرضى المصرية .
من جانبه أيضا أعلن اتحاد الكرة المصري ظهر اليوم الخميس عن الجهاز المعاون لحسام البدرى والذى يتكون من محمد بركات مديرا للمنتخب وأحمد ايوب وطارق مصطفى فى منصب المدرب العام،وسيد معوض مدرب مساعد ،وأيمن طاهر مدربا لحراس المرمى،والتونسى انيس الشعلانى مخططا للأحمال .
صاحب ال59 عاما الذى بدأ حياته المهنية عام 2001 عندما التحق بالجهاز الفنى للمدرب البرتغالي مانويل جوزيه ،ثم عمل كمدرب مساعد للمدرب الهولندى جو بونفرير ،وحافظ على منصبه بعد عودة جوزيه على رأس القيادة الفنية للقلعة الحمراء.
وظل البدرى مدربا عاما فى الفريق الأول لكرة القدم بالنادي الأهلي حتى عام 2009،وفى 22يوليو من العام ذاته تولى البدرى القيادة الفنية للقلعة الحمراء بعد 17عاما من تولى الأجانب للأبناء الجزيرة .
قاد البدرى النادى الأهلى فى 58مباراة ، حقق الفوز فى 33مباراة وحسم التعادل 16مناسبة بينما تلقى المارد الأحمر الهزيمة فى 9 لقاءات ،قبل أن يتقدم باستقالته من منصبه فى نوفمبر 2010 بعد الخسارة من الأسماعيلى بثلاثة أهداف مقابل هدف واحد.
وفى ديسمبر 2010 تعاقد نادى المريخ السودانى مع المدرب المصري حسام البدرى خلفا للمدرب الألمانى مايكل كروجر ،نجح البدرى فى الفوز بكل مباريات موسم 2011باستثناء الخسارة فى لقاء والتعادل فى مباراة أخرى ،لينهى هيمنة غريمه التقليدى الهلال السودانى على لقب الدوري السودانى ،ثم رحل عن قيادة الفريق السودانى بعد الاتفاق مع رئيس النادى جمال الوالى .
وفى ديسمبر 2011اعلن نادى إنبى عن تعاقده مع البدرى على رأس القيادة الفنية للفريق البترولى خلفا للمدرب المخضرم مختار مختار الذى رحل بسبب سوء النتائج.
ونجح البدرى فى تحقيق نتائج إيجابية مع الفريق البترولى كانت كفيلة بعودته مرة أخرى لقيادة المارد الأحمر من جديد فى عام 2012خلفا للمدرب البرتغالى مانويل جوزيه.
وعاد الأهلى لمنصات التتويج القارية عقب الانتصار على الترجى الرياضي التونسي فى اللقاء الختامى لبطولة دورى ابطال افريقيا بمعقل الأخير باستاد رادس بهدفين مقابل هدف وحيد.
وأعلن الاتحاد المصري لكرة القدم برئاسة جمال علام فى ديسمبر عام 2013عن تولى حسام البدرى القيادة الفنية الفنية للمنتخب الأوليمبى استعدادا لتصفيات اولمبياد ريودى جانيرو عام 2016.
نجح حسام البدرى فى قيادة المنتخب المصرى للتأهل إلى بطولة كأس الأمم الأفريقية التى على أثرها يتأهل أصحاب المراكز الثلاثة الأولى للأولمبياد ،الا أن البدرى لم ينجح فى الصعود من الدور الأول محتلا المركز الرابع بالمجموعة الثانية بعد التعادل فى لقائين والهزيمة فى مباراة أخرى.
ثم فى أغسطس عام 2016 تولى البدرى القيادة الفنية للنادى الأهلى بعد أعلن مجلس إدارة النادى برئاسة محمود طاهر عودته للمرة الثالثة خلفا للمدرب المقال الهولندى مارتن يول بسبب سوء النتائج .
حصد البدرى مع الفريق لقب الدوري المصري موسم 2016–2017،ثم لقب كأس مصر 2017 عقب الفوز على نادى المصرى بهدفين مقابل هدف وحيد.
وفي نوفمبر 2017، خسر الفريق نهائي دوري أبطال أفريقيا 2017 أمام نادي الوداد الرياضي المغربي بنتيجة 1–2 بمجموع المبارتين.
تقدم البدري باستقالته في مايو 2018 بعد سلسلة من النتائج السلبية. بدأت بالخسارة من الزمالك 2-1، ثم الخروج من كأس مصر على يد الأسيوطي سبورت في دور ربع النهائي، ثم حصد نقطة واحدة من أول مباراتين في مرحلة المجموعات بدوري أبطال أفريقيا. وبذلك انتهت ولاية البدري الثالثة في قيادة الأهلي بعد 95 مباراة، فاز في 68 منهم وتعادل 19 مرة وخسر 8 مرات.
وفى عام 2019تولى حسام البدرى رئاسة نادى بيراميدز الوافد حديثا للدورى المصرى اللممتاز بعدما تم تعيينه من تركى ٱل الشيخ مالك النادى ،قبل أن يعتذر البدرى عن استكمال مهمته مع نادى بيراميدز لظروف خاصة.